Pilihan raya umum 2009

Pada 11 September 2007 Megawati mengumumkan pencalonannya pada pilihan raya presiden 2009 di perhimpunan PDI-P. Soetardjo Soerjoguritno mengesahkan kesediaannya untuk dicalonkan sebagai calon presiden parti.[22]

Perlumbaan 2009 Megawati dibayangi dengan panggilannya untuk mengubah prosedur pendaftaran pemilih Indonesia, dengan jelas menunjukkan bahawa penyokong Yudhoyono cuba memanipulasi undi.[23] Megawati dan pasangannya Prabowo Subianto berada di tempat kedua dengan 26.79% undi.

Pilihan raya umum 2014

Pada 24 Februari 2012, Megawati menjauhkan dirinya daripada pemilihan[24][25] yang meletakkannya sebagai pesaing utama untuk pilihan raya presiden 2014.[26] Megawati, yang masih Pengerusi PDI-P, merayu kepada partinya di sebuah perhimpunan di Yogyakarta untuk memberi tumpuan kepada keutamaan PDI-P saat ini. Walau bagaimanapun, nama domain nampaknya telah didaftarkan atas namanya.[27] Pada 27 Disember 2012, edisi harian The Jakarta Post membayangkan kemungkinan kerjasama dalam pemilihan umum 2014 antara keluarga Megawati dan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan parti politik mereka, Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PDI-P) dan Parti Demokrat.[28]

Untuk pilihan raya 2014, parti Megawati dan rakan gabungan mereka mencalonkan Joko Widodo sebagai calon mereka untuk menjadi presiden. Widodo mengalahkan lawannya, Prabowo Subianto pilihan raya. Kemudian, hubungan antara Megawati dan Widodo menjadi tegang ketika ia menolak Ketua Umum Polis Budi Gunawan, untuk jawatan Ketua Polis Indonesia, walaupun beliau sedang disiasat atas dakwaan rasuah oleh Badan Pencegah Rasuah Indonesia (KPK). Budi Gunawan adalah Adjutan Megawati semasa masa jawatannya sebagai presiden Indonesia.[29]